Los primeros datos sobre yacimientos arqueológicos en Guipúzcoa consisten en ciertas estructuras megalíticas pertenecientes al periodo Neolítico, a pesar de que se cree que el territorio fue habitado siglos antes. Destacan, en este sentido,el dolmen de Jentilarri (Aralar), la cueva de Aitzbitarte (Errenteria),y algunos cromlech repartidos por el territorio, como el de Oianleku (Oiartzun). Según los historiadores romanos, el territorio que hoy ocupa Guipúzcoa fue habitado por tribus de várdulos y vascones. Estos fundaron importantes núcleos de población como Oiasso (Irún) de ocupación vascona y Menosca, Gébala, Thabuca, Alba y Tullonium, como ejemplos de asentamientos várdulos.

  El paso de romanos y musulmanes, sin embargo, a penas dejó huella en la provincia. Se cree que la romanización respetó a los pueblos asentados en el territorio ya que sólo afectó a parte de la administración provincial, que pasó a formar parte de la provincia Tarraconensis, además de la creación de nuevas infraestructuras.

  Con el imperio Al-Andalus, la presencia musumana fue incluso menor, alejándose Guipúzcoa de la zona de influencia del imperio musulmán por su situación geográfica. Así, no será hasta la Edad Media cuando la historia de la provincia comience a ser más relevante.

  Las primeras noticias escritas de Donostia-San Sebastián hacen referencia a un monasterio, cuya etimología deriva de la palabra Donebastian (Done=Santo, y Sebastián). Hacia 1180, se le concede un fuero, lo que favoreció la emigración gascona (provenientes de Bayona, actual Francia) a la villa y su consecuente desarrollo económico. El puerto de la ciudad fue concebido, en un principio, como el puerto de Navarra. Sin embargo, a partir del año 1200, Guipúzcoa rinde vasallaje al rey castellano Alfonso VIII, enemigo del rey de Navarra, Sancho el Fuerte. San Sebastián se convierte entonces en la salida al mar de la monarquía castellana, lo que favoreció enormemente su desarrollo económico.

  En 1248 se instalan fuerzas navales de San Sebastián. Alfonso VIII , después de jurar los fueros, inició una serie de privilegios otorgados a San Sebastián, tendentes a mantener vivo el tráfico navarro y la situación privilegiada de los comerciantes donostiarras en el mercado castellano. Sus sucesores, Fernando III y Alfonso X el Sabio, efectuarán nuevas fundaciones de villas, con el objetivo de garantizar la seguridad y dotar de una infraestructura al camino que unía a Castilla con el puerto de San Sebastián. Ello posibilitó un tráfico comercial mayor y más fluido procedente de Castilla, que, junto con el de Navarra, serán la base de la prosperidad de San Sebastián.

  El antagonismo anglo-francés dará lugar a la Guerra de los Cien años. Ambas potencias buscarán la alianza con Castilla, debido a su potencial naval, inclinándose Alfonso XI abiertamente por el lado francés, todo ello en colaboración con los ingleses, manteniéndose de esta forma las relaciones comerciales entre Aquitania, de dominio inglés, y Guipúzcoa.

  La lucha entre Pedro I el Cruel y Enrique de las Mercedes, provocó en la división provincial entre el resto de la provincia y San Sebastián, Mutriku y Guetaria. A la muerte de Pedro I en 1369, se genera una situación de tensión con la Aquitania inglesa, viéndose, por tal motivo, fuertemente afectadas las relaciones comerciales entre Aquitania y San Sebastián.

  La Guerra de los Bandos (s.XV) genera dificultades en el comercio interior, desplazando las principales líneas de tráfico hacia Bilbao. La alianza de Navarra con Francia también afectó negativamente a la economía guipuzcoana. La prepotencia económica de los "Parientes Mayores", oligarquías que obtenían su poder de la naciente industria férrea da lugar a una reducción del término municipal de San Sebastián, que contaba con una burguesía pacífica y asentada. Así, municipios como Fuenterrabía, Oiartzun, Hernani, Andoain, Orio y otros periféricos a la capital alcanzan mayor autonomía.

  En Enero de 1489 un incendio asoló Donostia, lo que provocó su reconstrucción en piedra, previniendo futuros desastres similares hasta 1813.